不同抗流能力大黄鱼(Larimichthys crocea)肌肉转录组学差异分析          下载免费PDF全文

张静静  王亚冰  王倩  韩多彩  彭士明 《海洋与湖沼》2023,54(5):1507-1516

为揭示不同抗流能力的大黄鱼(Larimichthyscrocea)肌肉基因表达水平的变化,筛选抗流相关基因,解析大黄鱼抗流性状形成的分子基础,收集福建福鼎沙埕湾主养区1 000尾大黄鱼,在设计制作的抗流实验水槽中,以流速1.0m/s为筛选条件,将抗流时间>30 min的大黄鱼归为抗流组(HM组),抗流时间<5 min的大黄鱼归为非抗流组(SM组),对其肌肉进行转录组分析,并统计抗流分组后48 h内大黄鱼的累计死亡率。转录组结果显示, HM组与SM组文库共富集到1806个差异表达基因(DEGs),其中1090个上调,716个下调。GO功能注释发现显著富集的条目主要集中在肌肉收缩相关功能, KEGG富集分析发现上调的DEGs主要富集在心肌收缩、氧化磷酸化、黏着斑、ECM-受体相互作用、AGE-RAGE、MAPK、心肌细胞中的肾上腺素能等相关通路;下调的DEGs主要富集在真核生物核糖体的发生、蛋白酶体、内质网中的蛋白加工、RNA转运、泛素介导的蛋白水解信号通路等。此外,RT-qPCR结果表明,随机选取的DEGs与RNA-seq结果的表达趋势一致。48h的累计死亡率结果显示,SM组...  相似文献   

温度和盐度对虹鳟(Oncorhynchus mykiss)“水科1号”生长、消化酶活性和相关基因表达的影响          下载免费PDF全文

纪凯  黄天晴  谷伟  刘恩慧  王高超  王炳谦  郭福元  曹学彬  郑龙华  董福霖  徐革锋 《海洋与湖沼》2023,54(5):1476-1487

温度和盐度变化的影响是虹鳟(Oncorhynchusmykiss)海水驯化和养殖生产中需要解决的重要问题。为探究温度和盐度对虹鳟生长发育的影响,通过在3种温度(10、16和22°C)条件下均设置5种盐度梯度处理(盐度分别为0、8、16、24、32),分别以A1～A5表示10°C各盐度组,以B1～B5表示16°C各盐度组,以C1～C5表示22°C各盐度组,将温度16°C且盐度为0组(B1)作为淡水对照组,开展为期21 d的养殖实验。养殖实验结束后分析不同温度和盐度对虹鳟生长、肠道消化酶活性、鳃和肠组织中生长相关基因(gh和igf-1)、应激相关基因(hsp70)和渗透压调节相关基因(aqp3和nka)表达的影响。结果显示,除B2(16°C下盐度为8)盐度组的饵料转化率(FCE)、增重率(WGR)和特定生长率(SGR)较B1(淡水对照组)显著升高,肠道中淀粉酶和脂肪酶活性分别较B1(淡水对照组)显著升高约23%和8%外(P<0.05),其余实验组以上指标均较淡水对照组降低。此外,鳃和肠组织中, B2和B3组gh和igf-1的表达量较对照组显著上调(P<0.05),而其余实验组g...  相似文献   

白色噬琼胶菌QM38β-琼胶酶基因agaD02 的克隆与表达     

王静  马吉飞  苗婷婷  李兆杰  杜宗军 《海洋科学》2010,34(8):6-10

从白色噬琼胶菌(Agarivorans albus)QM38基因组中扩增到一段编码β-琼胶酶的DNA序列,命名为agaD02。序列相似性分析的结果表明,基因agaD02和弧菌Vibrio sp.JT0107及Vibrio sp.PO-303的琼胶酶基因具有同源性,其相似性程度分别为98.7%和97.4%,而同GenBank中的其他序列同源性很低。对此基因的序列进行了分析,结果表明,其开放阅读框长度为2 868 bp,编码的蛋白质包含955个氨基酸,在蛋白数据库中的编号为ABM90422,推测其分子质量为106 ku,等电点为4.87。利用网上数据库资源和生物学软件对预测的琼胶酶蛋白序列进行了同源性分析和结构分析。设计两端含酶切位点的特定引物,克隆agaD02基因,构建入表达载体pET24a(+),转化大肠杆菌BL21(DE3),转化后提取质粒进行酶切和电泳验证,转化后的大肠杆菌经诱导可产生胞外琼胶酶。  相似文献   

梅氏新贝尼登虫(Neobenedenia melleni)卵黄铁蛋白的cDNA克隆、原核表达及抗血清制备     

牛禾  陈炯  史雨红  李明云 《海洋与湖沼》2010,41(1):121-125

从cDNA文库中获得了梅氏新贝尼登虫卵黄铁蛋白(NmYF)的编码序列。序列全长739个核苷酸,3′-末端具有polyA尾,单一大开放阅读框编码一个由226个氨基酸组成的分子量为26.1kDa的蛋白。序列比较表明,NmYF与卫氏并殖吸虫卵黄铁蛋白最相似,氨基酸序列同源性为23.7%。系统进化树分析表明,NmYF、卫氏并殖吸虫卵黄铁蛋白和头槽绦虫卵黄铁蛋白形成了一个小的进化簇,而体铁蛋白序列形成了一个大的进化簇,揭示了卵黄铁蛋白和体铁蛋白间的差异以及进化上的相关性。这是梅氏新贝尼登虫卵黄铁蛋白基因序列的首次报道。随后,构建了插入有全长NmYF基因开放阅读框序列的原核表达质粒pET-22b-NmYF,转化大肠杆菌BL21pLysE菌株,经IPTG诱导表达后,SDS-PAGE检测表明预期大小的目的蛋白大量表达。随后制备了目的蛋白的多克隆抗血清,它能与目的蛋白起强的特异性反应,但与细菌自身蛋白不起反应,可用于后续研究。  相似文献   

The influence of anisotropy on compaction bands: The case of coaxiality between stress and fabric anisotropy tensors     

Chara Prassa  Sotiris Alevizos  Manolis Veveakis  Yannis F. Dafalias 《国际地质力学数值与分析法杂志》2022,46(1):68-88

Compaction bands are localized failure patterns that appear in highly porous rock material under the effect of relatively high confining pressure. Being affected mainly by volumetric compression, these bands appear to be almost perpendicular to the most compressive principal stress of a stress state at the so-called “cap” of the yield surface (YS). In this study, we focus on the mechanism that leads to the onset of compaction bands by using a viscoplasticity model able to describe the post-localization response of these materials. The proposed constitutive framework is based on the overstress theory of Perzyna (1966) and the anisotropic clay plasticity model of Dafalias (1986), which provides not only the necessary “cap” of the YS, but introduces a rotational hardening (RH) mechanism, thus, accounting for the effect of fabric anisotropy. Following the analysis of Veveakis and Regenauer-Lieb (2015), we identify the compaction bands as “static” cnoidal wave formations in the medium that occur at a post-yield regime, and we study the effect of rotational and isotropic hardening on their onset. Moreover, we determine a theoretical range of confining pressures in triaxial compression tests for the compaction bands to develop. Under the assumption of coaxiality between stress and anisotropy tensors, the results show that the isotropic hardening promotes compaction localization, whereas the RH has a slightly negative effect on the onset of compaction localization.  相似文献   

沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris)核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/氧化酶基因克隆及其在大肠杆菌中的表达   总被引：1，自引：1，他引：0       下载免费PDF全文

杜翠红  刘静雯  周集体 《海洋与湖沼》2010,41(3):315-321

核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/氧化酶(RubisCO)(EC4.1.139)是光合细菌通过卡尔文循环固定二氧化碳的关键酶。本文采用PCR方法,从沼泽红假单胞菌株No.9中克隆到RubisCO基因(cbbM)序列(该序列已提交GenBank,登录号:GU061327)。采用同源建模法,建立了该RubisCO蛋白的三维结构模型,预测其活性位点。将cbbM基因亚克隆到表达载体pTV118N上,构建表达质粒pTV-CBBM,转化大肠杆菌BL21(DE3),获得表达菌株BL21(DE3)/pTV-CBBM,该菌株经IPTG诱导表达后,进行SDS-PAGE检测。采用气相色谱法测定破菌上清中的RubisCO酶活。结果表明:①cbbM基因编码461个氨基酸,与沼泽红假单胞菌株DCP3和DH1的RubisCO蛋白序列相似性分别为98%和99%;②推测沼泽红假单胞菌No.9中RubisCO蛋白的活性中心由Asn112、Lys192、Asp194、Glu195、His288、Arg289、His322、Gly424、Ser369、Gly370和Gly394等氨基酸残基组成;③重组蛋白分子量约为50kDa左右,与预测相符;④破菌上清中的RubisCO酶比活高于原始菌株中的酶活,说明目的基因在大肠杆菌中得到了有效表达。  相似文献   

鲫鱼(Carassius auratus)slc7A8基因分子特征及表达分析          下载免费PDF全文

熊钢  刘臻  王晓清  鲁双庆  张建社  谢帝芝  罗小华 《海洋与湖沼》2010,41(6):935-940

采用RT-PCR和RACE技术克隆鲫鱼slc7A8基因的全长cDNA序列,对基因序列用生物软件对基因进行生物信息分析,用Real-time PCR方法检测基因在组织中的mRNA表达丰度。结果表明,鲫鱼slc7A8cDNA全长为2709bp,包含195bp的5′UCR序列,921bp的3′UCR序列,1593bp开放阅读框,编码530个氨基酸序列;鲫鱼与斑马鱼基因同源性和编码氨基酸同源性分别为88.9%和95.5%,而与其他动物分别在70.1%-74.8%和80.6%-82.1%之间;预测编码蛋白的分子量为57719.84,等电点为4.8,对其结构预测显示该蛋白具有与哺乳动物十分相似的12个螺旋跨膜结构,跨膜区氨基酸高度保守,不同动物间的同源性都在92.2%以上;Real-time PCR检测鲫鱼组织中的mRNA表达丰度高低顺序为前肠、中肠、脑、后肠、肌肉、肾、鳃、心、肝脏。  相似文献   

虎斑乌贼FMRFamide的表达定位及其Na⁺通道受体基因的克隆鉴定、表达分析          下载免费PDF全文

曹慧敏  朱阳  郭祖霆  李双  周旭  迟长凤  郑利兵 《海洋与湖沼》2023,54(1):233-245

FMRFamide是神经肽家族的一类重要代表成员,参与无脊椎动物的多种生理调控过程。利用同源克隆和RACE技术获得了虎斑乌贼神经肽FMRFamide的Na+通道受体(Sp FaNaC)的cDNA全长共2 090 bp,开放阅读框(open reading frame, ORF) 1 782 bp,编码一个由593个氨基酸残基组成的多肽链, N端无信号肽,具有2个跨膜区;序列分析显示其与头足纲、腹足纲和双壳纲相似性较高,聚类为姐妹支。荧光定量PCR (qRT-PCR)检测到SpFaNaC主要分布在中枢神经系统的视叶、脑,其次是心脏和副缠卵腺。SpFaNaC原位杂交结果显示其阳性信号存在于视网膜感光细胞的细胞体、视叶深层视网膜的内颗粒细胞层和外细胞颗粒层、食道上神经团的各亚叶,尤以交界区最为集中。同时,原位杂交和免疫组化观察到神经肽FMRFamide主要分布在视叶的中央髓质区、边缘髓质区、内细胞颗粒层和外细胞颗粒层;食道上神经团的阳性信号较少,主要集中为亚叶交界处。实验结果为研究虎斑乌贼FMRFamide及Sp FaNaC的生理功能研究奠定一定的理论基础。  相似文献   

SsC1qDC基因在毛蚶免疫防御中的作用          下载免费PDF全文

彭强  王进京  王春德  卢霞  刘相全  刘桂龙  徐鑫  许贺  宁军号 《海洋科学》2023,47(9):40-52

含C1q结构域蛋白(C1qDCs)在无脊椎动物免疫应答中发挥重要作用,但目前有关毛蚶(Scapharca subcrenata)C1qDCs免疫功能的研究鲜有报道。本研究从毛蚶中鉴定出一个含有典型C1q结构域的基因(命名为SsC1qDC),并分析了其对主要病原感染的响应特征。SsC1qDC的cDNA全长序列为711bp,编码含有N端信号肽和199个氨基酸的蛋白,系统进化分析显示SsC1qDC与双壳贝类的C1qDCs聚在一起。SsC1qDC在毛蚶卵细胞到眼点幼虫时期的表达量随发育阶段显著增加,且该基因在成体毛蚶各组织中均有表达,其中在肝胰腺和闭壳肌中表达水平较高。副溶血弧菌刺激可显著诱导SsC1qDC基因高表达,敲降SsC1qDC基因表达后毛蚶死亡率和血细胞凋亡水平显著升高,且导致毛蚶血细胞总数和吞噬活力显著下降。同时,敲降SsC1qDC基因的表达可显著抑制母源免疫相关基因Vg、LSZ、Dscam、TEP和SsC1qDC-3的表达,而C3、PAF3、SsC1qDC-1和SsC1qDC-2等基因的表达显著上调。本研究结果表明, SsC1qDC在毛蚶抗弧菌响应中发挥重要作用,对贝类免疫学和抗...  相似文献   

集合降维变分同化中的初始扰动和局地化          下载免费PDF全文

希爽 《气象科技》2022,50(5):670-676

集合降维变分同化方法ERDVar不需要求解切线性模式和伴随模式，不仅能减少同化计算量，而且能够提供“流依赖”的背景误差协方差矩阵。本文提出用NMC初始扰动生成方法和分区同化方案，来解决初始扰动样本生成问题和全球同化局地化问题，最终实现将ERDVar应用到全球中期数值预报模式T106L19。试验结果表明：①使用ERDVar方法能够有效提取真实增量信息，提高全球同化精度。②用NMC方法产生的扰动样本反映预报误差结构特征，在预报过程中不容易衰减，同化后至少使预报误差降低10%。③与全球ERDVar同化试验相比，分区ERDVar同化试验各变量平均的均方根误差降低14%，计算代价进一步降低。分区ERDVar方法和NMC样本的联合应用使同化改进效果更稳定。  相似文献